Jhonattan Duque Murcia, es administrador de empresas de la Pontificia Universidad Javeriana, con especializaciones en Desarrollo Territorial, y Gestión Pública y Logística.
Su trayectoria profesional, la mayor parte de ella en el sector público, comenzó en la Alcaldía de Cali, en donde tuvo a su cargo la implementación de programas de desarrollo económico y fortalecimiento de clústeres para la competitividad regional.
También trabajó como consultor del Ministerio de Agricultura, en la generación de estrategias con enfoque territorial para el desarrollo de capacidades productivas de las organizaciones rurales.
En el Departamento Nacional de Planeación, había sido consultor de la Dirección de Infraestructura y Energía Sostenible y coordinador departamental del Sistema General de Regalías, trabajando en el seguimiento y asistencia técnica de proyectos de inversión susceptibles a ser financiados con estos recursos.
Antes de asumir el cargo que hoy tiene, fue director de Proyectos Especiales en el Departamento Administrativo de la Presidencia de la República, en donde impulsó estrategias con las entidades del orden nacional y territorial, para avanzar en el desarrollo integral del Pacífico colombiano, liderando acciones de coordinación interinstitucional para proyectos estratégicos en materia de agua potable y saneamiento básico, energización y conectividad, entre otros.
Desde abril de 2024 es el Subdirector General del Sistema General de Regalías, responsable de ejercer la Secretaría Técnica de la Comisión Rectora del Sistema, órgano en el que ha liderado el seguimiento y control de los proyectos financiados con estos recursos públicos y la reactivación de proyectos de gran importancia para los territorios del país.